淘宝托管代运营公司的收费主要分为两部分，即基础服务费和效果费用。基础服务费是指托管代运营公司提供的基本服务，包括店铺装修、产品上架、订单处理等；效果费用是指托管代运营公司通过提升店铺销售效果而获得的一定比例的提成。
基础服务费主要根据店铺的规模和需求而定。一般来说，基础服务费是根据店铺的运营维护工作量来计算的，具体费用可以与托管代运营公司协商确定。
效果费用则是根据托管代运营公司为店铺带来的销售额来计算的。一般来说，效果费用是以销售额的一定比例来计算的，这个比例根据店铺的具体情况而定，一般在5%~15%之间。
总体来说，淘宝托管代运营公司的收费是比较灵活的，可以根据店铺的实际情况进行调整。 无论是基础服务费还是效果费用，都需要与托管代运营公司签订服务合同。合同中会明确规定收费细则和支付方式。一般来说，基础服务费是按月、季度或年度支付的，效果费用则是按订单结算的。
在支付方面，通常可以选择银行转账、支付宝、微信支付等方式进行，这些支付方式都是相对方便和安全的。具体支付方式可以与托管代运营公司商议确定。 此外，托管代运营公司还可能会根据店铺的特殊需求收取一些额外的费用。例如，如果需要进行品牌宣传推广、竞品分析等高级服务，托管代运营公司可能会根据具体需求进行定制，并收取额外的费用。这部分费用可以根据实际情况进行商议和协商。 总的来说，淘宝托管代运营公司的收费主要包括基础服务费和效果费用两部分，其中基础服务费是店铺运营维护工作量的衡量标准，效果费用是根据托管代运营公司为店铺带来的销售额进行计算的。具体的收费标准和支付方式可以与托管代运营公司进行协商确定。另外，在一些特殊需求的情况下，托管代运营公司还可能会收取额外的费用。